國土法上路前爭議不斷，有估價師指出，國土法恐掏空產業發展及讓全台產生新一波種屋潮；對此內政部澄清，全國土地資源不會因為國土計畫上路，造成產業工廠使用的丁種建地一夕變成住宅；農舍興建符合農業發展條例規定同樣可以申請，沒有因國土計畫施行而有所不同。

內政部表示，國土計畫促進國土資源合宜利用與永續發展，對於現況零星分布在各工業區外的丁種建地，除可維持原合法使用，也可透過申請程序轉作為低污染且低強度的用途使用。

對於民眾質疑未來可能喪失主動權及預期發展權被剝奪，國土署國土計畫組表示，事實上國土計畫法的施行才能確保民眾合法權益，例如農業發展地區可興建農舍及從事農業產、製、儲、銷、休閒農業；原住民族既有居住權將獲得保障，分階段解決土地使用課題。至於其他土地相關法令及審查機制仍在，原本應遵守及依循的法令不會憑空消失，並非受到國土計畫施行影響，不該把所有土地限制問題通通推給國土計畫上路。

內政部強調，國土計畫賦予地方政府規劃權及主導權，未來直轄市、縣市政府可依當地產業需求及結構變遷，透過定期通盤檢討，以及辦理鄉村地區整體規劃等機制，讓國內土地資源能有效利用且合理發展，中央也會予以積極輔導。